Finalizó la temporada en cuarta posición y se clasificó para los playoffs de ascenso a la Liga ACB; en cuartos de final se enfrentó al Viajes Aliguer de Pineda de Mar, al que superó por un contundente 3-0; en semifinales, el CB Huelva se enfrentaría al Andorra BC, que venía de dar la sorpresa al vencer (3-2) al campeón de la liga regular, camiseta basket nba niños el Gijón Baloncesto. La temporada 1998/99 fue de transición; el equipo onubense acabó el curso con 12 victorias y 14 derrotas, lo que le valió para quedar noveno clasificado, perdiendo la primera ronda de los playoffs de ascenso ante el Menorca Bàsquet. El curso 2004/05 empezaba con serias dudas; un CB Ciudad de Huelva joven y muy reformado le confiaba el banquillo a Joaquim Costa, que hasta entonces había sido segundo de Aíto García Reneses en el Barcelona pero que no tenía experiencia como primer entrenador. En la campaña 1993/94, el Monte Huelva le confía el banquillo al recién retirado Quino Salvo con Sergio Valdeolmillos como su segundo; el técnico vigués guía al equipo a sus quintos playoffs de ascenso consecutivos, siendo eliminados por el Sant Josep de Badalona. Sin embargo, el CB Ciudad de Huelva perdió los 4 siguientes partidos, finalizando la primera vuelta en la última posición con el paupérrimo bagaje de 2 victorias y 15 derrotas, lo que propició la destitución del técnico Sergio Valdeolmillos, pasando José María Oleart a encabezar el banquillo onubense.
Con jugadores como el onubense Miguel Ángel Vilchez o el estadounidense Tom Gneiting y el técnico Juan Llaneza, el Monte Huelva disputa sus terceros playoffs consecutivos buscando la Liga ACB, siendo eliminados por el Prohaci Mallorca. El Palacio de los Deportes no tuvo, en lo deportivo, una gran primera temporada, ya que el Ciudad de Huelva sumó 9 victorias y 21 derrotas acabando 14º clasificado y sin optar a los playoffs. El ejercicio 2002/03 fue el peor del Ciudad de Huelva en la LEB, el equipo acabó penúltimo (15º) con 11 victorias y 19 derrotas, debiendo disputar el playoff por la permanencia ante el CAI Zaragoza; el equipo onubense completó su mala temporada perdiendo la serie por 3-2 y descendiendo a LEB-2. La Solana de las Pilillas es un yacimiento formado por cuatro lagares excavados en roca a los que se asocian una serie de estructuras anexas relacionadas con la producción, elaboración y almacenamiento de vino, donde por las características de los materiales arqueológicos asociados a suelos de ocupación, el yacimiento se ha datado entre final del siglo VII y el siglo V a. Prueba de la crisis son los cuatro técnicos que Nacional tuvo durante ese corto lapso, (José Etchegoyen, René Seghini, Julio Tóker, y Julio «Chonto» Gaviria) quienes no pudieron revertir los resultados y en cambio salían debido al bajo rendimiento del equipo.
Respecto a las franjas de audiencia en las que La Sexta tiene más éxito son las sobremesas y las tardes, así como la franja matinal. Tras una dura derrota ante Unicaja (90-62), el equipo de Huelva se preparaba para debutar en un reformado Polideportivo Andrés Estrada en la sexta jornada ante el Fórum Valladolid, pero los 4000 aficionados que, por primera vez en la historia, veían Liga ACB en Huelva no pudieron disfrutar de una victoria de su equipo, que perdió (81-88). La dinámica negativa del CB Ciudad de Huelva se prolongó hasta el mes de noviembre, con 11 derrotas en 12 partidos. El tercer partido de la serie, se quedó en Huelva (84-82) y el Ciudad se ponía 2-1 con un partido más en casa; pero el CB Granada se impuso en el cuarto partido de un abarrotado Andrés Estrada (58-69) y todo se decidiría en su cancha; allí, en el partido decisivo, el Ciudad de Huelva fue mejor (se impuso en valoración 92-78) y mereció la victoria, pero acabó cayendo 83-81, poniéndose fin al sueño onubense en la Liga ACB.
El conjunto de Huelva superó el cántabro por 2-1 y tuvo el honor de convertirse en el primer campeón de la Liga LEB. El conjunto estaba formado por Débora Alonso, Lorea Elso, Bito Fuster, Isabel Gómez, Montse Martín y Gemma Royo, además de Marta Aberturas y Cristina Chapuli como suplentes. El 13 de junio de 2002, Jive Recors estrenó la reversión en AOL Music, como parte del programa First Listen de la empresa, donde batió récords de reproducciones, luego de recibir 1,35 millones de visitas en menos de 24 horas. Las fiestas patronales de Getafe se celebran cuarenta días después del Domingo de Resurrección lo que significa que cada año se celebran en una fecha diferente entre mediados y finales de mayo y principios de junio. El Ciudad de Huelva había conseguido en un par de semanas lo mismo que en toda la primera vuelta, pero todos los sectores del club sabían que era prácticamente inevitable disputar el playoff por la permanencia; aun así, el equipo onubense logró su quinta victoria en la 24.ª jornada ante el Caja San Fernando (85-84), logrando salir de la última posición en la que estaba instalado desde hace meses; en la siguiente jornada, una nueva victoria en la pista del Caja Cantabria (80-81) le dejó a un partido de tener el factor cancha a favor en los playoffs, pero volvió a encadenar varias derrotas consecutivas que le situaron a 4 jornadas del final en la última posición y a dos partidos del Ourense, penúltimo.